\documentclass{jsarticle}を使用していると、dvipdfmx使用時に以下のようなエラーが出ます。
kpathsea: Running mktexpk --mfmode / --bdpi 600 --mag 1+396/600 --dpi 996 jis
mktexpk: don't know how to create bitmap font for jis.
kpathsea: Appending font creation commands to missfont.log.** WARNING ** Could not locate a virtual/physical font for TFM "jis".
** WARNING ** >> There are no valid font mapping entry for this font.
** WARNING ** >> Font file name "jis" was assumed but failed to locate that font.
** ERROR ** Cannot proceed without .vf or "physical" font for PDF output...Output file removed.
これは\documentclass{jartcle}に変更することで回避できます。
多分どこか設定が間違っているんだと思います。
